Sekundärkomplikationer drabbar huvudsakligen patienter med underliggande hjärt- och/eller lungsjukdom och äldre personer. Personer som tillhör dessa medicinska riskgrupper kräver oftare sjukhusvård och står också för en väsentlig del av den ökade dödlighet som ses i samband med influensa. Bakteriell lunginflammation är vanligast förekommande (5 %) och orsakar flest influensarelaterade dödsfall. Andra komplikationer är bihåleinflammation och bronkit. Hos barn är öroninflammation vanligt.
Vissa influensavirus har dock slagit hårdare mot en yngre population som ex Spanska sjukan där mortalitetn var högst i åldersgruppen 15-40 år.