Influensavirus tillhör gruppen orthomyxovirus och är ett RNA-virus. Det finns tre olika typer av influensavirus: A, B och C.
Virustyperna delas in i två undergrupper efter variationen på två ytproteiner: hemagglutinin (H) och neuraminidas (N). Hos fåglar finns 16 olika H-typer och 9 N-typer som kan kombineras till över 80 subtyper. Proteinerna har betydelse, dels för virusets förmåga att tränga in i celler och frigöra nya viruspartiklar, dels för uppkomsten av immunitet.
Influensavirus förändras kontinuerligt. Det kan antingen ske gradvis, antigen drift, eller språngvis, antigent skifte. Viruset förmåga att förändra sig gör att människor kan insjukna flera gånger i influensa. Pandemier uppstår vid antigent skifte, då viruset har förändrats så mycket att immunsystemet inte alls känner igen det och är helt försvarslöst. Ett antigent skifte kan uppstå genom att virus från sjöfågel blandas med mänskligt influensavirus i ett annat däggdjur, ofta gris men även i människor. En annan möjlighet är att virus sprids fram och tillbaka mellan fjäderfä och sjöfågel och förändras så att det kan smitta människor.
Vid mindre förändringar är människor delvis skyddade och därför drabbar inte influensan lika hårt. Influensa A förändras både via antigen drift och antigent skifte och kan därför orsaka både epidemier och pandemier. Influensa B förmåga att orsaka pandemier är däremot begränsad eftersom virus endast förändras i små steg.